Node.jsのjQueryでTypeErrorが出た場合の解決方法

ローカルではMacで開発していまして、CentOSにデプロイした際に以下のエラーが出てjQueryが動きませんでした。

TypeError: Cannot read property 'prototype' of undefined

node_modules自体を削除し、npm installで再インストールしてみましたが、変化無し。

調べてみると、GitHubに似た状態の報告がありました。が、node自体のバージョンアップで解決したという内容と、Windows上では最新版（v0.8.8）でも解決していない報告もあり、イマイチ解決方法が分かりません。実際にv0.8.6からv0.8.8へアップデートしてみましたが、症状は解決できませんでした。